Nació en Portugalete, Bilbao, en el año 1930 y murió asesinado en El Salvador el 16 de noviembre de 1989. Se doctoró en filosofía en la Univesidad Complutense de Madrid con una tesis titulada Principalidad de la esencia en Xavier Zubiri. Fundador del Seminario Xavier Zubiri, fue codirector del mismo junto con Diego Gracia hasta el final de su vida. Nacionalizado salvadoreño, trabajó como profesor en la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas, de El Salvador, y desde el año 1979 fue Rector de esa Universidad. Además de un filósofo destacado, Ellacuría ha sido uno de los máximos representantes de la teología de la liberación, y un hombre de fina sensibilidad política. Con Jon Sobrino dirigió la edición de la obra Mysterium liberationis, publicada por esta misma editorial.